A cidade de São João del Rei originou-se do antigo Arraial Novo do Rio das Mortes. A ocupação do arraial remonta a 1704, quando um paulista chamado Lourenço Costa descobre ouro no ribeirão de São Francisco Xavier.
A descoberta fez com que as fossem distribuídas a várias pessoas que começam a explorar as margens do ribeirão. Algum tempo depois, o português Manoel José de Barcelos encontrou mais ouro na encosta sul da Serra do Lenheiro, num local chamado Tijuco. Naquele local estabeleceu-se o primeiro núcleo de povoamento que daria origem ao Arraial Novo de Nossa Senhora do Pilar, mais tarde Arraial Novo do Rio das Mortes.
Já bastante próspera, em 1713 a localidade é elevada a vila e recebe o nome de São João del-Rei em homenagem a Dom João V, rei de Portugal. No ano seguinte, é nomeada sede da Comarca do Rio das Mortes. Desde os tempos de sua formação, desenvolve-se aí uma vasta produção mercantil e de gêneros alimentícios, resultantes tanto da atividade agrícola, quanto da pecuária. Essa faceta vai possibilitar o contínuo crescimento da localidade, que não sofre grandes perdas com o declínio da atividade aurífera, verificado em toda a Capitania das Minas Gerais a partir de 1750.
Nessa época a crise do sistema colonial agrava-se. A exploração do ouro entra em franca decadência, e a Coroa Portuguesa continua a exigir pesados impostos da população. Essa situação conflitante faz crescer o nível de consciência de setores intermediários da sociedade, levando padres, militares, estudantes, intelectuais e funcionários das principais vilas mineiras, como São João del-Rei, Tiradentes e Vila Rica, a conspirar contra a metrópole.
Em poucos anos, o movimento conhecido como Inconfidência Mineira toma corpo e ganha adeptos em cada arraial e vila da Capitania das Minas Gerais. Grandes planos são traçados tendo em vista a produção de bens de consumo aliada à liberdade comercial, o que descartaria a política monopolizadora da metrópole. A Vila de São João del-Rei é escolhida para abrigar a nova capital. Porém, em 1789 o movimento é frustrado pela denúncia do coronel Joaquim Silvério dos Reis, devedor de somas altíssimas à Fazenda Real.
Graças à vocação comercial de São João del-Rei, a sua feição colonial não é a mesma das demais vilas mineradoras da época. Já em princípios do século XIX, ela se mostra amadurecida comercialmente: lojas instaladas em elegantes casarões oferecem todo tipo de mercadoria, desde as produzidas na comarca até as importadas. O movimento de passantes, caixeiros-viajantes, mulheres e crianças circulando pelas ruas confere-lhe um aspecto alegre e colorido. Também é precoce o surgimento da imprensa, assinalado pela fundação, em 1827, do 'Astro de Minas', o segundo jornal de Minas Gerais na época.
Em 1838 a progressista Vila de São João del-Rei torna-se cidade. Nessa época, possuía cerca de 1.600 casas, distribuídas em 24 ruas e 10 praças. Ainda no século XIX, contava com casa bancária, hospital, biblioteca, teatro, cemitério público construído fora do núcleo urbano, além de serviços de correio e iluminação pública a querosene.
Desenvolve-se, ainda mais, com a inauguração em 1881 da primeira seção da Estrada de Ferro Oeste-Minas, que liga as cidades da região a outros importantes ramais da Estrada de Ferro Central do Brasil. Em 1893 a instalação da Companhia Industrial São Joanense de Fiação e Tecelagem traz novo impulso à economia local, a tal ponto que a cidade é novamente indicada para sediar a capital de Minas Gerais. Em junho do mesmo ano, o Congresso Mineiro Constituinte aprova, em primeira discussão, a mudança da capital para a região da Várzea do Marçal, subúrbio de São João del-Rei. Mas, numa segunda discussão, o projeto inclui Barbacena e também Belo Horizonte, um planalto localizado no Vale do Rio das Velhas, onde existia o antigo Arraial do Curral del-Rei.
Com a escolha da região do Curral del-Rei em dezembro de 1893, a importância econômica de São João del-Rei diminui gradativamente. Mas a cidade não perde seu charme colonial, sendo motivo de atenção dos modernistas brasileiros, que a visitam em 1924. Ela é registrada na obra de algumas das figuras mais representativas do movimento, como a pintora Tarsila do Amaral e o escritor Oswald de Andrade. Em 1943 seu acervo arquitetônico e artístico, composto por importantes edificações civis e religiosas, é tombado pelo Serviço do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional - Shan.
A formação peculiar da cidade, que evoluiu de arraial minerador para importante pólo comercial da região do Campo das Vertentes, é responsável por sua característica mais interessante: uma mescla de estilos arquitetônicos que tem origem na arte barroca, passa pelo ecletismo e alcança o moderno. Em São João del-Rei, é possível apreciar a evolução urbana de uma vila colonial mineira, cujo núcleo histórico permanece bastante preservado em harmonia com as construções ecléticas do século XIX e as mudanças ocorridas no século XX.
Fundação da cidade:
São João del Rei foi fundada em fins do século XVII, por taubateanos liderados por Tomé Portes del Rei, que, por isso, é considerado seu fundador.
Em 1709, a cobiça pelo ouro gera discórdia entre portugueses e paulistas, dando causa à Guerra dos Emboabas, acontecendo o triste episódio do "Capão da Traição" quando os paulistas foram emboscados e chacinados pelos portugueses.
Em 08 de dezembro de 1713, arraial alcançou foros de vila, com o nome de São João del Rei, homenagem a D. João V, e também passa a ser sede da Comarca do Rio das Mortes.
O ouro, a pecuária e a agricultura foram os fatores de desenvolvimento e progresso da vila e, aos 6 de março de 1838 é elevada à categoria de cidade.
São João del Rei participou sempre das decisões mineiras e nacionais.
Em 1833, na Sedição Militar de Ouro Preto, em 1842, na Revolução Liberal e, sendo sede do 11ºBI - Batalhão Tiradentes, participou das revoluções de 1930 e 1964. Combateu na Itália, triunfando em Montese e Castelnuevo. Aqui nasceram is grandes heróis nacionais: Joaquim José da Silva Xavier, o Tiradentes - o Mártir da Independência e Patrono Cívico da Nação Brasileira; Bárbara Heliodora Guilhermina da Silva - a heroína da Inconfidência São João del Rei é conhecida como um entroncamento de caminhos, desde a expedição de Fernão Dias, que em 1674 abriu a trilha mais tarede conhecida como o Caminho Velho (de São Paulo à Minas). Nos últimos anos do século XVII, o taubateano Tomé Fortes del Rei estabeleceu-se na beira deste caminho, cobrando pedágio na passagem do Rio das Mortes, cultivando roças e criando gado.
Posteriormente o chamado Caminho Novo, que vinha do Rio de Janeiro, também passava pela atual São João del Rei, palco de fatos históricos nacionais, como a Guerra dos Emboabas e Inconfidência Mineira. Em 1730, a famosa Picada, partia justamente de São João del Rei, atingindo a divisa goiana em Paracatu.
Depois, em 1872, foi criada a Estrada de Ferro Oeste de Minas, para complementar a Estrada de Ferro Leopoldina, que vinha do Rio de Janeiro e chegando à São João del Rei seguia para as lonjuras de Pitangui e Paracatu, rastreando a velha Picada de Goiás.
Mas São João del Rei não vive só de passado. Sabe invoca-lo, orgulhando-se dele, encontrando nele a força do ideal e de amor à liberdade e à justiça, como seus filhos Joaquim José da Silva Xavier, o Tiradentes e o Presidente Tancredo Neves.