Passado o primeiro confronto, Coutinho ergue o Fortim do Espírito Santo, uma cerca feita de troncos de árvores, a fim de proteger os colonizadores das tribos indígenas. Dessa forma, surge o primeiro núcleo populacional da capitania, denominada Vila do Espírito Santo.
Essa vila, povoada por aproximadamente 60 colonizadores, consistia em quase 30 casas e uma igreja. O verde da região deu lugar à agricultura e à pecuária, predominando a produção de milho. Porém, os constantes ataques indígenas deram fim à vila, o que levou os portugueses a abandoná-la.
Este primeiro núcleo de colonização recebeu o nome de Vila de Nossa Senhora da Vitória. No dia 13 de junho de 1535, após explorar os arredores da ilha, os colonizadores descobriram uma grande ilha, atual ilha de Vitória, dando-lhe o nome de Ilha de Santo Antônio, em comemoração ao dia do santo católico.
Em 1537, Coutinho doou a ilha de Santo Antônio a Duarte de Lemos, um dos homens de sua comitiva colonizadora. Entre os presenteados, D. Jorge de Menezes ficou com a primeira ilha junto à Barra, Ilha do Boi e Valentim Nunes com a atual Ilha do Frade. Assim foi iniciada a povoação na ilha de Vitória. Duarte de Lemos instalou-se na parte alta da ilha, fazendo construir em sua fazenda, ao lado da residência, uma igrejinha para o culto de Santa Luzia.
Mas, com a partida do donatário para Portugal, por volta de 1550, a Ilha de Santo Antônio ficou abandonada. As famílias de colonos, alojadas na Vila do Espírito Santo, fugindo dos ataques dos índios, passaram a habitar a ilha de Duarte de Lemos, que lhes oferecia segurança e guarita estratégica.
No dia 8 de setembro de 1551, esta segunda vila, primeiramente conhecida como Vila Nova, foi chamada de Ilha de Santo Antônio (Atual Vitória). Mais tarde, em 1592, a vila abandonada passou a se chamar Vila Velha.
Vasco Coutinho transferiu a sede da capitania para a Vila de Nossa Senhora da Vitória, até então denominada Vila Nova, para se diferenciar da primeira, Vila Velha.
Em seus 25 anos como donatário, Vasco Coutinho realizou obras importantes. Além da construção das duas vilas, também ergueu as duas primeiras igrejas locais: Igreja do Rosário, fundada em 1551 (ainda existente) e a Igreja de São João, ambas em Vila Velha.
Também foram construídos os primeiros engenhos de açúcar, principal produto da economia por três séculos. Uma iguaria que reinou absoluta até 1850, quando foi substituída pelo café. Em 1551, o padre Afonso Brás fundou o Colégio e Igreja de São Tiago. Foi esta construção que, após sucessivas reformas, transformou-se no atual Palácio Anchieta, sede do Governo do Estado.
Com a chegada de missionários, foram fundadas as localidades de Serra, Nova Almeida e Santa Cruz, em 1556. Dois anos mais tarde, a vinda de frei Pedro Palácios resultaria na fundação do principal monumento religioso do Estado: o Convento da Penha. Uma homenagem a Nossa Senhora da Penha, padroeira do Espírito Santo. Veja o quadro de Benedito Calixto retratando a chegada de Frei Pedro Palácios.